В статті здійснено дослідження особливостей управління системою логістичних бізнес-процесів зернового господарства. Удосконалено методичний підхід до формування та реалізації інноваційного механізму управління системою логістичних бізнес-процесів зернового господарства, оцінки впливу логістичної інтеграції на результативність функціонування сільськогосподарських підприємств та реалізації функції контролінгу шляхом використання контрольно-логістичного хронографу субконтрактних відносин. Визначено, що реалізація запропонованого інноваційного механізму управління системою логістичних бізнес-процесів зернового господарства досягаються за такими організаційно-функціональними напрямами: формуючи координаційні логістичні групи з метою оптимізації логістичних бізнес-процесів, посилюючи цим самим інтеграційну функцію субконтрактації на рівні галузі, розвиваючи систему «експорту інновацій» та нейтралізуючи негативні фактори; утворенням координаційної ради зернового господарства, яка функціонує на постійній основі та є ініціатором формування логістичних систем, що сприяє фінансовій і законодавчій підтримці, залученню до логістичної системи органів державної влади, науково-освітніх та фінансових установ, розробці і впровадженню єдиного інформаційного ресурсу, підтримці логістичної системи на основі шерінг-платформи.